Francisco nace el 7 de abril de 1506 en el castillo navarro de Xabier. Fue el sexto y último hijo de Juan de Jassu, que llegó a ser presidente del Real Consejo de Navarra, y de María de Azpilcueta, de familia noble. Los otros cinco hermanos: Miguel y Juan se dedicaron a las armas; Ana se casó; y María y Madalena se hicieron religiosas. Francisco se unió a la Compañía de san Ignacio y, a partir de 1541, evangelizó en Oriente (Goa, Ceilán, Japón). Murió en la isla de Sanxao, en las puertas de China.

Canonizado en 1622, es el patrón de las Misiones (1927). Tiene una estatua en la nave derecha de la sede barcelonesa.